Биологи изобрели субклеточное секвенирование РНК

Биологи изобрели субклеточное секвенирование РНК

Биологи под руководством известного генетика Джорджа Черча создали метод секвенирования РНК in situ, который позволяет составить карту экспрессии тысяч генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга или эмбриона. Описание метода опубликовано в Science, кратко о нем можно посмотреть в ролике Nature News.

Метод получил название FISSEQ (флюоресцентное секвенирование РНК in situ). Латинским выражением in situ биологи обозначают те методы, которые дают пространственную информацию, — данные которых привязаны к конкретной точке клетки или организма. В данном случае секвенирование FISSEQ позволяет определить последовательности молекул РНК, которые находятся в разных частях клетки. Секвенирование проходит с высоким, напоминающим оптическую микроскопию разрешением.

Процедура выглядит следующим образом. Сначала образец фиксируют и разрезают на тонкие слои. Затем из клеток удаляют мембраны, при этом РНК, ДНК и белки остаются фиксированы в матрице (этот метод «просветления» был изобретен недавно с целью получения прозрачного мозга). РНК с помощью обратной транскриптазы переводят в соответствующую ДНК-копию, которую затем многократно амплифицируют. В результате из одной молекулы РНК образуется кластер идентичных фиксированных молекул («наношарик»). В нем представлена не вся исходная РНК, а только ее фрагмент, но этого фрагмента достаточно для надежной идентификации всей молекулы. Затем используются уже известные методы пиросеквенирования: к образцу добавляют меченые основания, и во время синтеза новых копий ДНК в разных точках образца загораются разные сигналы.

До изобретения FISSEQ биологи могли либо установить пространственное распределение нескольких РНК (метод мечения in situ FISH), либо узнать последовательность всех РНК, но потерять при этом пространственную информацию (секвенирование). Новый метод сочетает обе возможности, что, вероятно, приведет к появлению нового класса исследований в эмбриологии и исследованиях мозга.

Lenta.ru

Похожие новости:
Биологи нашли способ получения овощей-гигантов
Генетики нашли способ, при помощи которого можно создавать овощи гигантских размеров. Результаты своего исследования авторы опубликовали в журнале Nature Genetics, а кратко с ними можно ознакомиться на сайте Science News. Биологи изучили два мутантных штамма томатов, плоды ..
2015-05-26 1788 0 Технология
0
Биологи создали "идеальный" микроб с простейшим набором генов
Биологи создали микроб Syn 3.0, ДНК которого включает в себя всего 473 гена, при этом предназначение 149 из них на данный момент неизвестно. Для сравнения, которое приводит ZN,ua, человеческий геном включает в себя 20-25 тысяч генов, а микроб Mycoplasma genitalium содержит всего ..
2016-03-28 1548 0 Технология
0
Родился первый генетически отобранный ребенок
Технология предимплантационного генетического скрининга NGS (next-generation sequencing), позволяющая, в том числе, сравнительно быстро и недорого выявлять хромосомные аномалии у полученных в результате ЭКО эмбрионов, успешно прошла первое испытание. В США появился на свет первый, прошедший подобное тестирование еще на стадии эмбриона, ребенок ..
2013-07-9 1536 0 Технология
0
Биологи создали генетический транзистор
Биологи из Стэнфордского университета создали генетический аналог транзистора. Статья, описывающая генетические логические схемы, опубликована в журнале Science. Ее обзор приводит ScienceNow. Биологическое устройство получило название «транскриптор» по названию синтеза молекул РНК на базе ДНК. Именно этот процесс ..
2013-04-1 1371 0 Технология
0
Ученые вырастили сердечные мышцы для морских свинок
Ученые восстановили поврежденные участки сердечной мышцы морских свинок при помощи клеток сердца (кардиомиоцитов), выращенных из человеческих эмбриональных стволовых клеток, сообщает The Seattle Times. Сердце морской свинки бьется со скоростью 200-250 ударов в минуту, примерно на верхнем ..
2012-08-9 1745 0 Технология
0
Биологические ткани собирают при помощи магнитной левитации
Биологи давно говорят о том, что выращивать органы и ткани для трансплантации невозможно в обычных чашках Петри. Ткани и органы тела человека не плоские. А значит, и клеткам, из которых они будут выращиваться, необходима объёмная матрица. Для этих целей учёные создают из различных ..
2011-12-16 1978 0 Технология
0
Биологи создали неуязвимую бактерию
Американские ученые полностью переписали генетический код кишечной палочки Escherichia coli, внеся в ее геном более 62 тысяч изменений. Полученный микроорганизм будет полностью устойчив ко всем известным вирусам, не сможет обмениваться генами с другими бактериями и будет синтезировать ранее ..
2016-08-20 6875 0 Технология
0
Биологи научились редактировать геном взрослых рыб
Биологи разработали метод внесения изменений в геном модельных животных на поздних стадиях развития. Работа опубликована в журнале Nature, а ее краткое содержание приводит NatureNews. Ученые работали с одним из самых популярных модельных организмов - пресноводной рыбкой данио-рерио (Danio rerio). ..
2012-09-25 1328 0 Технология
0
Ученые поймали вирусы углеродными нанотрубками
Американские ученые разработали настраиваемое микроустройство, улавливающее вирусы в образцах с низким их содержанием и загрязненных посторонними примесями. Результаты работы опубликованы в журнале Science Advances. Определение видовой принадлежности и конкретных штаммов патогенных вирусов играет ключевую роль в изучении, диагностике, лечении и профилактике вызываемых ..
2016-10-08 15169 0 Технология
0
Вирус герпеса расскажет о жизни своего носителя
Биологи из Пенсильванского университета выяснили, что по штаммам вируса герпеса можно проследить историю человеческой жизни, а также определить личность преступника. Результаты исследования будут опубликованы в журнале Virology. С пресс-релизом можно ознакомиться на сайте университета.Ученые обнаружили, что вирус герпеса ..
2016-04-05 2495 0 Технология
0
Найден эффективный способ выявления рака
Молекулярные биологи из Нидерландского института исследования рака проверили эффективность нового метода выявления жизненно важных генов, основанного на системе CRISPR-Cas9. Оказалось, что с помощью CRISPR можно добиться гораздо лучших результатов с минимальным количеством шума. Исследование опубликовано ..
2016-04-26 1287 0 Технология
0
Китайские биологи получили человеческую кровь из риса
Китайские биологи превратили обычный посевной рис в белковую "фабрику", производящую альбумин - основной белковый компонент человеческой крови, разработали технологию извлечения этого белка из этого "биореактора" и опубликовали свои выводы в статье в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences ..
2011-11-2 1731 0 Технология
0
Биологи нашли способ победить герпес
Биологи из Медицинского института Утрехтского университета предложили способ, с помощью которого можно подавить размножение вирусов герпеса в организме человека и даже полностью уничтожить инфекцию. Ключевую роль сыграет система CRISPR/Cas9. Статья опубликована в журнале PLOS Pathogens.Большинство ..
2016-07-01 2179 0 Технология
0
Биологи пересадили мыши волосы, созданные из стволовых клеток
Японским биологам удалось вырастить из стволовых клеток мыши полноценные волосяные луковицы и успешно пересадить их на затылок грызуна, абсолютно лишенного шерсти от рождения, как сообщается в статье, опубликованной в научном журнале Nature Communications. На протяжении последних двух десятилетий биологи ..
2012-04-23 2145 0 Технология
0
Биологи подчинили мышей своей воле
Исследователи из университета Вашингтона (Washington University) и университета Иллинойса в Урбане-Шампейне (University of Illinois at Urbana-Champaign) создали крошечные светодиоды, которые подсветили отдельные нейроны мышиного мозга. Таким образом учёные смогли активировать клетки, отвечающие за выработку гормона удовольствия ..
2013-04-15 1205 0 Технология
0